El Consejo Federal de Relaciones Exteriores y Comercio Internacional cuenta con cinco comisiones de trabajo, las cuales son coordinadas por las provincias de manera rotativa. Actualmente, están conformadas del siguiente modo:
- Comisión permanente de Relaciones Internacionales y Cooperación, coordinada por la provincia de Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur.
- Comisión permanente de Comercio Exterior e Inversiones, coordinada por la provincia de Entre Ríos.
- Comisión permanente de Mercosur y Negociaciones Económicas, coordinada por la provincia de Río Negro.
- Comisión especial de Malvinas, Antártida y Política Oceánica, coordinada por la provincia de Santa Fe.
- Comisión especial de Integración Física y Energética, coordinada por la provincia de Mendoza.
- Comisión especial de la Organización para la Cooperación y el Desarrollo Económico (OCDE), coordinada por la provincia de Córdoba
