El Consejo Federal de Relaciones Exteriores y Comercio Internacional cuenta con cinco comisiones de trabajo, las cuales son coordinadas por las provincias de manera rotativa. Actualmente, están conformadas del siguiente modo:
- Comisión permanente de Relaciones Internacionales y Cooperación, coordinada por Santa Fe.
- Comisión permanente de Comercio Exterior e Inversiones, coordinada por Córdoba.
- Comisión permanente de Mercosur y Negociaciones Económicas, coordinada por La Pampa.
- Comisión especial de Malvinas, Antártida y Atlántico Sur, coordinada por la Provincia de Buenos Aires.
- Comisión especial de Integración Física y Energética, coordinada por La Rioja.
