La Base San Martín está localizada en el islote San Martín del grupo de islotes Debenham en Bahía Margarita, al oeste de la Península Antártica, siendo la más occidental de las bases argentinas. San Martín fue inaugurada el 21 de marzo de 1951 como Base de Ejército General San Martín, en honor del gran héroe de la independencia. El entonces coronel Hernán Pujato impulsó y protagonizó su construcción, además de ser el primer jefe de la base y primer director del Instituto Antártico Argentino, creado ese mismo año. En ese momento fue la base más austral del mundo, situada al sur del Círculo Polar Antártico.
En junio de 1952 un incendio destruyó la casa principal, la estación de radio, dos depósitos y la usina principal, a este infortunio se sumó la imposibilidad de reabastecerla por mar debido a las condiciones del hielo, por lo que la dotación debió soportar una doble invernada con sólo aerolanzamientos. Aquella dotación fue la misma que en 1952, comandada por el mayor Humberto Bassani Grande, logró el cruce de la Península Antártica con trineos movidos por perros. Fue también en ese año que llegó a la base el primer helicóptero argentino de dotación antártica. Desde San Martín fueron realizadas innumerables patrullas, algunas de larga extensión y que instalaron refugios tanto en islas como en la Península Antártica y que hoy están bajo responsabilidad de la dotación: 17 de Agosto, El Plumerillo, Yapeyú, Chacabuco, Paso de los Andes, El Granadero y Nogal de Saldán. En febrero de 1960 San Martín fue desactivada pero en el invierno de 1962 fue visitada por la expedición terrestre invernal del Ejército Argentino comandada por el teniente primero Gustavo Adolfo Giro Tapper, proveniente de la Base Esperanza.
La campaña antártica de verano 1975/76 fue rehabilitada con instalaciones modernizadas y hoy continúa en funcionamiento como base permanente a lo largo de todo el año bajo responsabilidad de la Dirección Antártica de Ejército. La base cuenta con el Laboratorio Antártico Multidisciplinario San Martín (LASAN), que concentra las actividades científicas. Principalmente se realizan estudios de geomagnetismo, ionosfera, fitoplancton, geodesia y glaciología. En este campo se estudia el desplazamiento de glaciares junto con científicos alemanes a través de un convenio con el Instituto Alfred Wegener. La base cuenta con un helipuerto y en el cercano glaciar Uspallata anevizan aviones con esquíes como los DHC-6 Twin Otter. Algunas de las instalaciones originales de la Base San Martín, incluyendo una cruz, un asta de bandera y un monolito construido en 1951 fueron designadas en 1972 Sitio y Monumento Histórico de la Antártida SMH Nº 26, gestionado por Argentina.
También posee un Mausoleo en el islote Bárbara, donde están depositadas las cenizas del Gral. Pujato. Si bien la flora se limita a algunos líquenes y musgos, la fauna es diversa: orcas, focas cangrejeras y de Weddell, pingüinos Adelia, skúas, gaviotas y cormoranes. Se trata de una zona de fuertes vientos de hasta más de 200 km/h y temperaturas que en invierno alcanzan los -37ºC, pero en verano se han registrado hasta 8ºC. Entre junio y noviembre el mar se congela lo que permite realizar patrullas con medios terrestres sobre la capa de hielo marino.
