La Secretaría Ejecutiva se encuentra dentro del ámbito del Ministerio de Relaciones Exteriores y Culto, y está encabezada por un funcionario del Cuerpo Permanente del Servicio Exterior de la Nación.
Las funciones específicas de la Secretaría Ejecutiva son las siguientes:
- Servir de nexo permanente con la Organización para la Prohibición de las Armas Químicas (OPAQ) y los Estados Partes de la Convención de Armas Químicas.
- Coordinar el asesoramiento y asistencia de las distintas áreas de la Comisión Interministerial.
- Informar regularmente al Directorio de las negociaciones internacionales sobre la materia, el funcionamiento de la OPAQ, y en general, la implementación de la Convención a nivel internacional.
- Adoptar todas las medidas que fueren necesarias para el cumplimiento de la Convención.
- Proponer al Poder Ejecutivo Nacional, a través del Ministerio de Relaciones Exteriores y Culto, las modificaciones necesarias para la adecuación de la legislación nacional a las exigencias de la Convención.