La Organización para la Prohibición de las Armas Químicas (OPAQ) es la encargada de la administración de la Convención. Sus actividades principales son:
- Verificar la destrucción de los arsenales químicos existentes y la eliminación de las capacidades para desarrollarlos.
- Verificar a la industria química de todos los Estados Parte para asegurar su utilización pacífica y prevenir la proliferación de armas químicas.
- Proveer apoyo a los Estados Parte para mejorar sus capacidades de protección ante ataques o amenazas con armas químicas o incidentes civiles con sustancias químicas.
- Promover la cooperación internacional para el uso de la química para fines pacíficos.
Todos los Estados Partes de la Convención son miembros de la OPAQ y su sede está en La Haya, Reino de los Países Bajos. La Organización está integrada por tres órganos: la Conferencia de Estados Partes, el Consejo Ejecutivo y la Secretaría Técnica.