El Consejo Ejecutivo es el órgano ejecutivo de la Organización, lo integran 41 Estados miembros divididos por regiones geográficas. Su función es supervisar el funcionamiento de la Secretaría Técnica y colaborar con la Autoridad Nacional de cada Estado Parte. Asimismo, presenta el presupuesto de la Organización, prepara el programa para la Conferencia, concreta acuerdos con los Estados, analiza casos de incumplimiento e informa sobre esos casos a la Conferencia, etc.
La Argentina ha sido siempre elegida como uno de los siete representantes del Grupo Latinoamericano y del Caribe (GRULAC) desde su creación en 1997, junto a México y Brasil (criterio de industrias químicas más importantes). Los otros cuatro puestos que le corresponden a la región son ocupados por los restantes países de América Latina en forma alternada, en base a un criterio de rotación bianual.
Es importante destacar que la Conferencia puede celebrar períodos extraordinarios de sesiones, para examinar el funcionamiento de la Convención, un año después de transcurrido el quinto y el décimo año de la entrada en vigor de la Convención. En estos exámenes, se deben tener en cuenta los adelantos científicos y tecnológicos que puedan afectar el funcionamiento de la Convención.