El IAA fue creado el día 17 de abril de 1951 por el Decreto del Poder Ejecutivo Nacional Nº 7338, constituyéndose de este modo en el primer organismo mundial dedicado exclusivamente a las investigaciones científicas antárticas. Cabe destacar que la creación y la trayectoria del IAA preceden incluso a la creación del Tratado Antártico (1959). Su fundador y primer director fue el entonces Coronel Hernán Pujato.
Si bien el IAA nace en el ámbito del Ministerio de Asuntos Técnicos, el IAA fue transferido al Ministerio de Defensa Nacional en 1952 (Decreto N° 2855). Desde entonces y hasta 1969, el IAA desarrolló funciones bajo la órbita de distintas dependencias públicas del Ministerio de Defensa, hasta que, por efectos de la Ley N° 18.513, se crea la Dirección Nacional del Antártico (DNA) de la cual el IAA pasa a depender. En el Art. 17 de esta ley, se establece que el Director del Instituto Antártico Argentino será la segunda autoridad jerárquica de la Dirección Nacional del Antártico. Las funciones y la misión del IAA quedarían establecidas por el Decreto Nº 2250 de 1973 dentro de la estructura orgánica de la DNA.
Finalmente en el año 2003, mediante el Decreto N° 207, se transfirió a la DNA –y con ella, al IAA- a la jurisdicción del Ministerio de Relaciones Exteriores y Culto, donde reviste en la actualidad.