La Parte II de las Directrices contiene una Guía de procedimiento, a cuyas disposiciones los PNC deben ajustar su funcionamiento. En ese sentido, los PNC operarán de conformidad con los criterios fundamentales de visibilidad, accesibilidad, transparencia y responsabilidad para fomentar el cumplimiento del objetivo de equivalencia funcional.
Si bien son las empresas quienes deben respetar las Directrices en su conducta diaria, los Gobiernos pueden contribuir a mejorar la eficacia de los procedimientos de implementación.
En ese sentido, el PNCA adoptó su propio Manual de Procedimientos, el que debe ser aplicado para todo reclamo vinculado con la implementación de las citadas Líneas Directrices.