En 1991, con el Protocolo al Tratado Antártico sobre Protección del Medio Ambiente, comienza en la historia antártica un nuevo periodo en el que la protección del medioambiente se constituye en una prioridad fundamental de las naciones antárticas. La Argentina, conforme a la adhesión a los acuerdos de protección de fauna marina que ha firmado en las décadas anteriores, adhiere al nuevo protocolo y brega por su cumplimiento, expresando así su compromiso medioambiental en la Antártida. En el mismo orden, fiel al espíritu de cooperación internacional del Sistema del Tratado Antártico, el país aumenta y profundiza en las últimas décadas los proyectos de cooperación internacional en ciencia antártica, instalando incluso laboratorios binacionales, como por ejemplo el laboratorio Dallmann. Conforme a la importancia de la misma la Dirección Nacional del Antártico y el Instituto Antártico Argentino pasan a depender del Ministerio de Relaciones Exteriores a partir de 2003 y al año siguiente la sede de la Secretaría del Tratado Antártico es instalada en Buenos Aires.
