Si bien todo el continente es una gran reserva natural protegida, el Protocolo de Madrid estableció la necesidad de que determinadas áreas recibieran una protección adicional. Existen por lo tanto, tres grandes tipos de áreas protegidas en la Antártida:
Zonas Antárticas Especialmente Protegidas (ZAEP)
Zonas Antárticas Especialmente Administradas (ZAEA).
Sitios y Monumentos Históricos (SMH)
Las ZAEP son sectores terrestres o marinos con valores naturales o científicos excepcionales, en los que se encuentra restringido el acceso humano. Sólo los científicos o quienes deben realizar tareas de control o mantenimiento pueden acceder a esta especie de pequeñas reservas naturales. Los primeros pueden trabajar con la fauna, la flora o allí donde hay especiales valores geológicos, sin la interferencia de otras actividades humanas, como el turismo o las operaciones logísticas. Bajo este estatus de protección, se encuentran grandes colonias de pingüinos, sectores de reproducción de otras especies o sectores con coberturas de vegetación excepcionales, así como yacimientos de fósiles, debido a su alto valor científico.
Las ZAEA son otra categoría para la gestión de zonas creada por el Protocolo de Madrid. Su objetivo es el ordenamiento de diferentes actividades que confluyen en un mismo espacio. Un ejemplo de zona designada como ZAEA es la isla Decepción. Toda la isla es un volcán activo, situado en el archipiélago de las islas Shetland del Sur. Una de sus características es que su caldera se encuentra inundada por el mar, por lo que constituye un puerto natural. Como volcán activo, ya de por sí es de interés para la ciencia, pero lo es también por su ubicación y por su vegetación endémica asociada al calor que emite el volcán al sustrato. Como consecuencia de todos los atractivos de la isla y por su accesibilidad, es el sitio más visitado de toda la Antártida. Por los motivos mencionados, se acordó que la totalidad de la isla se constituyera en una ZAEA.
Esto significa que se ha establecido un plan de gestión que ordena las actividades logísticas y turísticas, de manera tal que no se vea interferida la labor científica y que no se perturben los valores naturales e históricos del lugar.
Finalmente están los SMHs, que incluye a los sitios históricos más valiosos de la Antártida. Esta designación conlleva que no pueden ser dañados ni retirados, y se preserva así el patrimonio histórico antártico. En su mayoría, estos sitios evocan algún acontecimiento de la época de las expediciones antárticas de los siglos XIX y principios del XX (como es el caso de las cabañas de los exploradores pioneros o de la vieja factoría ballenera de isla Decepción), o eventos relacionados con la firma del tratado y la cooperación entre países.
En el siguiente link se puede acceder a una base de datos y listados completos de Zonas Antárticas Especialmente Protegidas (ZAEP), Zonas Antárticas Especialmente Administradas (ZAEA) y Sitios y Monumentos Históricos (SMH) del Tratado Antártico: www.ats.aq/devph/es/apa-database